Im ersten semikontinuierlichen Durchflussversuch wurden künstlich mit Monascus ruber und mit Penicillium roquefortii verpilzte Maissilagen hinsichtlich Effekten auf die Biogasproduktion in belasteten Prozessen getestet. Bei der Variante mit M. ruber kam es bereits nach einer absolut zugeführten organischen Trockensubstanz von 2.500 g zu einem Einbruch der Methanproduktivität. Bei der Variante mit P. roquefortii zeigten sich etwa 2 Wochen später bei einer absolut zugeführten Trockensubstanz von 3.800 g Symptome einer Prozessstörung, während die Methanproduktivität in der Kontrolle noch etwas länger auf hohem Niveau blieb. Die Versuche wurden nach Erreichen des Abbruchkriteriums infolge einer Prozessversäurung wegen des in allen Varianten unterlagerten Kobaltmangels nach den Versuchstagen 155 und 176 beendet. Die molekularbiologischen Analysen indizierten die Prozessversäuerung deutlich früher als die konventionelle Analytik. Dies unterstreicht ihre Eignung zur Prozessdiagnose und als Frühwarnsystem vor Prozessstörungen. Die molekularbiologischen Ergebnisse gaben keinen Anhaltspunkt dafür, dass die Verschimmelung mit M. ruber oder P. roquefortii die Gesellschaftszusammensetzung der methanogenen Archaeen und der Bacteria oder auch deren Aktivität beeinflusst hätten.
Den mykotoxikologischen Analysen zufolge reicherten sich Monacolin KS und Roquefortin C in den Prozessen, die mit durch M. ruber bzw. P. roquefortii verschimmelter Silage betrieben wurden, über den Versuchszeitlauf an. Obwohl die Substanzen nicht oder kaum abgebaut wurden und sich in den Fermentern anreicherten, schienen sie den Prozess zumindest bei den gegebenen Konzentrationen nicht gravierend zu beeinträchtigen. Eine eindeutige Dosis-Wirkungsbeziehung zur finalen Prozessstörung konnte nicht festgestellt werden, hier wären weiterführende Untersuchungen nötig. Zumindest Roquefortin C scheint keine Hemmung verursacht zu haben, da weder in den Mini-Batchversuchen (siehe oben) noch im zweiten Durchflussversuch (auch hier kam es zu einer Anreicherung von Roquefortin C im Gärgemisch, siehe unten) eine Prozessbeeinträchtigung durch dieses Mykotoxin nachgewiesen werden konnte.
Im zweiten Durchflussversuch wurden zwei mit verschiedenen A. fumigatus Stämmen verschimmelte Silagen getestet. Im Versuchsverlauf zeigten sich keine gravierenden Effekte durch die Zugabe, in den A. fumigatus Varianten wurde im Vergleich zur Kontrolle lediglich a priori eine etwas geringere Methanproduktivität gemessen. Der Metabolische Quotient (MQ) zeigte in allen Varianten bereits zu Versuchsbeginn und im weiteren Versuchsverlauf noch intensiviert eine Stresssituation für die methanogenen Archaeen an und prognostizierte zu Versuchsende einen Prozesszusammenbruch. Die prozesschemischen Analysen bestätigten in allen Gärgemischen einen im Versuchsverlauf zunehmend gestörten Betrieb, der wahrscheinlich durch Mangel an Kobalt verursacht war. Trotz der unterlagerten Prozessinsuffizienz konnte kein Unterschied zwischen den Varianten mit A. fumigatus-Verschimmelung und der Kontrolle festgestellt werden. In Verbindung mit den Ergebnissen der Batch-Untersuchungen mit Einsatz der typischen A. fumigatus Toxine als Reinsubstanz liegt daher kein Hinweis vor, dass mit A. fumigatus verschimmelte Silage den Biogasprozess beeinträchtigt.
Durch die mykotoxikologischen Analysen konnten im Gärrest typische Aspergillus-Toxine wie Gliotoxin, Fumiquinazolin C/D, Fumagillin, Fumitremogen B und Fumigaclavin C nachgewiesen werden. Der Gehalt an Roquefortin C, entstanden wahrscheinlich durch eine Co-Inokulation bei der Beimpfung der Silage, stieg auch im zweiten Durchflussversuch im Versuchszeitraum an. Im Vergleich zum ersten Durchflussversuch lag hier aber kein Hinweis auf eine Beschleunigung der Prozessstörung durch die Verschimmelung vor, was (wie bereits oben erwähnt) einen schädlichen Einfluss von Roquefortin C auf den Biogasprozess bei den gegebenen Konzentrationen ausschließt.
Die geprüften Toxine oder verschimmelten Silagen lösten keine oder zumindest keine massive Prozessstörung aus. Das bedeutet aber nicht, dass der Einsatz verschimmelter Silagen in Biogasanlagen unbedenklich ist, auch wenn eine energetische Verwertung sinnvoll erscheint. Bevor entsprechende Empfehlungen an Anlagenbetreiber ausgegeben werden können, sollte zum einen geprüft werden, ob andere Sekundärmetaboliten von Schimmelpilzen gravierende Störungen auslösen können, und zum anderen, ob durch die Anreicherung von Toxinen wie z. B.wie Monacolin KS und Roquefortin C ein hygienisch-toxikologisches Risiko bei der Gärrestausbringung entsteht.